De eerste Sluizenloop was op woensdag 10 september 1975, ter gelegenheid van het 600-jarig bestaan van de Oude Sluis in Vreeswijk. Nieuwegein had nog geen atletiekvereniging en de organisatie was in handen van Hellas, de sportraad Nieuwegein en het Bureau Sport en Recreatie.

In 1983 werd Atverni opgericht. Vanaf dat jaar is de organisatie van de Sluizenloop geleidelijk overgedragen aan Atverni.

Van 1994 tot en met 2004 vormde de Sluizenloop samen met wedstrijden georganiseerd door Clytoneus Woerden, Fit Zeist, OSM’75 Maarssen, Phoenix Utrecht, Statina Culemborg, U-track Utrecht en de Veenlopers Mijdrecht het Groot Utrecht Running Circuit. Daarmee werd de 10 km de hoofdafstand. In 2005 kwam de 20 km te vervallen.

De wedstrijd- en recreatieloop voor volwassenen ging aanvankelijk over 20 km.De jeugd liep door het oude dorp. Het parcours is in de loop der jaren meermaals gewijzigd. Tot 1999 ging de wedstrijd- en recreatieloop vanaf de Oude Sluis naar Tull en 't Waal. In 2000 keerden de deelnemers halverwege Tull en 't Waal. Vanaf 2003 volgde het parcours het Lekkanaal. In 2015 moest het parcours opnieuw worden gewijzigd. Het Sluispad aan de oostzijde van het Lekkanaal was immers afgesloten, ter voorbereiding van de verbreding van het Lekkanaal en de aanleg van de derde kolk van de Prinses Beatrixsluis. Het parcours werd verlegd naar het westen: via het Schipperspad naar de Plofsluis en via de Structuurbaan en de Schalkwijkse Wetering terug. Voor dit parcours waren echter zo veel verkeersregelaars en parcourswachten nodig dat het parcours in 2017 opnieuw is gewijzigd. De jeugd loopt één of twee rondjes door het dorp. De wedstrijd- en recreatieloop bestaat uit één of twee achtjes van 5 km, waarbij elk achtje bestaat uit een rondje door het dorp en een ronde richting de Prinses Beatrixsluis.

Op verzoek van de Ondernemersvereniging Vreeswijk wordt de Sluizenloop sinds 2015 op zondag in plaats van op zaterdag gehouden.